Para o tratamento eficaz dos efluentes, é muito importante a escolha eficiente do processo de tratamento.
Os processos físico-químicos são recomendados na remoção de poluentes inorgânicos, metais pesados, óleos e graxas, cor, sólidos sedimentáveis, sólidos em suspensão através de coagulação-floculação, matérias orgânicas não biodegradáveis (celulose, lignina, tanino, etc), sólidos dissolvidos por precipitação química e compostos através de oxidação química. Quando existem sólidos voláteis (dissolvidos ou em suspenção), o tratamento biológico é o mais indicado. Num sistema de lodos ativados com aeração prolongada, por exemplo, a eficiência de remoção da DBO encontra-se entre 90 e 95%.
No tratamento de esgotos sanitários, através da coagulação-floculação a eficiência de remoção da DBO situa-se entre 50 e 75% e há remoção quase total dos sólidos em suspensão, ficando grande parte dos sólidos dissolvidos. Para efluentes industriais, as eficiências de remoção são bastantes variáveis, dependendo muito das características de cada tipo de efluente. As eficiências serão mais elevadas, se grande parte dos sólidos se encontrar em suspensão, caso contrário, ou seja, se grande parte dos sólidos se encontrar dissolvidos, as eficiências serão muito baixas. As eficiências mais elevadas de remoção de DBO dificilmente ultrapassam os 75% e as remoções de sólidos em suspensão geralmente ultrapassam os 90%.
Na escolha do tipo de tratamento, dois parâmetros são de grande importância para podermos avaliar qual deles (tratamento físico-químico ou biológico) é o mais propício: a DQO e a DBO.
No caso em que a DQO seja igual ou menor que o dobro da DBO, é possível que grande parte da matéria orgânica seja biodegradável, podendo ser adotados os tratamentos biológicos convencionais.
Se a DQO for muito além do dobro da DBO (triplo ou quádruplo), é possível que grande parte da matéria orgânica não seja biodegradável. Se a causa for, por exemplo, a existência de celulose, que não é biodegradável e não tóxica, poderá ser aplicado o tratamento biológico. Caso a grande parte da matéria não biodegradável for causadora da poluição, os processos físico-químicos por precipitação química e coagulação-floculação poderão ser os mais adequados.
O procedimento para avaliar esta eficiência, objetivando oferecer subsídios para estudo preliminar, é recorrer aos ensaios de floculação (Jar-test) que é uma simulação do que realmente ocorre na estação de tratamento. Analisam-se parâmetros (DQO, DBO, sólidos voláteis, etc.) do efluente bruto e do clarificado obtido no ensaio, e, posteriormente, calcula-se a eficiência de remoção em percentagem.
As coletas de testes deverão sempre ser realizadas por pessoas habilitadas e as análises, em laboratórios específicos.